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新羿数字PCR:非小细胞肺癌原发EGFR T790M渐变检测研讨

宣布日期:2021-12-22

择要

北京大学国民病院胸内科杨帆团队和清华大学医学院生物医学工程系郭永团队协作,在《OncoTargets and Therapy》颁发题为"Highly Sensitive Droplet Digital PCR Method for Detection of de novo EGFR T790M Mutation in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer"的研讨论文,该研讨利用新羿TD-1数字PCR平台,考证了非小细胞肺癌病人华夏发EGFR T790M渐变与共存的致敏EGFR渐变在等位基因上的顺反式干系(顺式摆列指两个位点在统一条DNA份子上,反式摆列则是指两个位点不在统一条DNA份子上,这两种差别摆列体例致使患者对药物的敏理性不一样),并摸索了福尔马林牢固白腊包埋(FFPE)构造样本对检测原发EGFR T790M渐变的影响。

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方式与成果

该研讨入组了300例中国非小细胞肺癌患者,一切病人都未利用过EGFR-TKIs。对前250例患者(A组),经由过程内科手术获得肿瘤构造后疾速冷冻后保管于-80℃;对后50例患者(B组),获得病人的肿瘤构造和癌旁一般构造,并别离建形成冰冻肿瘤构造、FFPE肿瘤构造、冰冻一般构造和FFPE一般构造。对A组的250例冰冻肿瘤构造停止EGFR基因渐变检测,并对同时检出T790M渐变和致敏EGFR渐变的样本停止等位基因顺反式检测。对B组的4品种型样本停止EGFR基因渐变检测,阐发4品种型样本中T790M渐变比例。(具体流程见图1)

300例冰冻构造EGFR检测成果以下表:

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对3例为L858R+T790M双阳性样本。进一步构建了L858R+T790M两重检测系统,用总RNA阐发L858R和T790M的顺反式干系,成果标明,这3例样本均为顺式干系,即L858R和T790M渐变存在于统一条DNA份子上(图2)。

图2(A)显现了野生型EGFR的NSCLC细胞系的FAM非特同性旌旗灯号。(B、C、D)3例NSCLC患者,同时伴有原发T790M和L858R渐变,用ddPCR方式检测两种渐变的等位基因干系,B、C、D所示为EGFR的原发T790M(FAM标记)和L858R(VIC标记)的双阳性旌旗灯号, FAM和VIC阳性旌旗灯号以玄色表现。野生型EGFR L858R和野生型T790M渐变的旌旗灯号以蓝色表现。EGFR L858R渐变阳性的旌旗灯号以绿色表现。原发T790M陪同顺式L858R渐变的双阳性旌旗灯号以橙表现。

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对B组的50例病人的4品种型样本停止19Del、L858R和T790M检测,发明T790M在癌旁一般构造FFPE样本的品貌为0.1%-0.5%,而一样的冰冻构造的渐变品貌均低于0.1%。这提醒在用FFPE样本检测T790M渐变时,需细心确认判读的cut off。

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研讨论断

1.中国NSCLC原发T790M渐变产生率很低,在本研讨中只要1.3%。

2.本研讨发明的3例L858R+T790M双阳性样本为顺式渐变,数字PCR能够有用检出。

3.福尔马林牢固形成的野生渐变会影响FFPE样本的T790M渐变检测。以是利用ddPCR检测FFPE样本前,应细心考证ddPCR检测系统的阐发cut off值。

作者先容

北京大学国民病院胸内科王迅主治大夫为该论文的第一作者,北京大学国民病院胸内科杨帆传授与清华大学医学院郭永传授为论文的协作通信作者。原文链接:

 

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